Introdução

Uma das formas de tentar otimizar o desempenho do MySQL é identificar possíveis query que estejam consumindo recursos exageradamente do seu banco de dados, por padrão o MySQL vem com o recurso de log desabilitado por questões de desempenho e segurança!

Ativando os Logs

Para ativar o log do MySQL você precisa editar o arquivo /etc/mysql/my.cnf (no ubuntuu) em outras distribuições e windows você terá que achar o arquivo :). Após abrir o arquivo descomente a opção log, tal como segue o exemplo abaixo

    #
    # * Logging and Replication
    #
    # Both location gets rotated by the cronjob.
    # Be aware that this log type is a performance killer.

    log = /var/log/mysql/mysql.log

Depois que você ativou os logs será necessário reiniciar o MySQL. Para ver os logs basta executar no seu terminar o comando.

    tail -f /var/log/mysql/mysql.log

Veja como fica:

Referência

http://www.howtogeek.com/howto/database/monitor-all-sql-queries-in-mysql/