O Problema

Gerar arquivo pdf contendo etiquetas cujo papel não possui um tamanho padrão;

O arquivo será gerado utilizando a lib domPdf que pode ser baixada aqui.

Como resolver

Para resolver este problema você precisa no momento de criar o seu documento passar um vetor com as configurações do papel, veja o exemplo abaixo:

    require_once(SISTEMA_DIR."componente/pdf/dompdf_config.inc.php");
    spl_autoload_register('DOMPDF_autoload');

    $html = "O html da etiqueta";
    $dompdf = new DOMPDF();
    $dompdf->load_html($html);

    $papel = array(0,0,355.00,866.20);
    $dompdf->set_paper($papel, 'portrait');

    $dompdf->render();
    $dompdf->stream("etiqueta.pdf");
    return;

A função set_paper por padrão recebe uma string com o nome do papel porém olhando no código fonte eu vi que se for passado um vetor ele emula um novo papel com as informações passadas.

Vale lembrar que o tamanho deve ser informado em pontos e que para converter de mm para pp multiplique por 2.84!